La cromopuntura avviene mediante un piccolo e maneggevole pennino.
Questa penna, dopo aver scelto la punta o il filtro colorato che si desidera utilizzare ed averlo inserito nella penna, verrà proiettato per trenta secondi fino al massimo di un minuto sulla parte del corpo che si desidera trattare. Ogni colore si caratterizza per specifiche proprietà ed effetti ed è quindi bene approfondire la conoscenza del valore terapeutico di ciascuno di essi per ottenere i risultati desiderati. I colori agiscono anche a livello emozionale e vengono associati nella tradizione indiana ai sette chakra.